1389 r. – pierwsza wzmianka o wsi Zatory należącej wówczas do parafii Dzierżenin;

1402 r. – bp Jan z Korzkwi uposaża i eryguje parafię Pniewo i wzmianka o wsi zatory należącej do parafii Pniewo.;

1436 r. – wieś Zatory darowana Michałowi z Zamięcic, podkomorzemu warszawskiemu;

2 lutego 1443 r. – biskup płocki Paweł Giżycki wyłącza wieś Zatory z parafii Pniewo i eryguje tu nową parafię pw. Św. Michała uposażając ją w dziesięcinę z Mystkówca. Fundatorem parafii został Michał – podkomorzy warszawski;

1471 r. – Zatory należą do Jakuba z Gościeńczyka, kasztelana czerskiego;

1538 r. – dołączono do parafii wioskę Wielęcin z parafii Dzierżenin , który obecnie należy do parafii Popowo. Na początku XVII w. nieduży, drewniany kościół posiadał 3 ołtarze;

1640 r. – budowa nowego drewnianego kościoła pw. Św. Małgorzaty w Zatorach (21 x 11 m);

1649 r. – biskup pomocniczy Wojciech Tolibowski herbu Nałęcz konsekrował kościół. Rozebrano go w 1819 r. 

1819-1821 r. ks. Jerzy Dzwonkowski z fundacji Mikołaja Glinki wzniósł nową murowaną świątynię. Pozostawał on niewykończony aż do 1873 r.;

1827 r. – parafia Zatory liczyła 1800 wiernych, natomiast w Zatorach mieszkało 352 osoby;

25 września 1885 r. – biskup sufragan płocki Henryk Piotr Kossowski eryguje kościół; 

1913-1914 r. – ks. Franciszek Kuligowski przebudowuje kościół i według projektu architekta Juliusza Lisieckiego i powiększa go; budowa wieży na frontonie;

1915 r. – podczas działań wojennych i ostrzału artylerii kościół doznał znacznych uszkodzeń, runęła połowa wieży, dach i sklepienie, zniszczone zostało wnętrze;

1915 r. w październiku i listopadzie – w parku dworskim wybudowano mały, drewniany kościół.

1916 r. – budowa nowej plebanii w Zatorach;

1918 r. – powstaje cmentarz żołnierzy niemieckich poległych w I wojnie światowej;

1923 r. – powołano komitet odbudowy kościoła, któremu przewodniczyli książę Artur Radziwiłł i ks. Piotr Jakubiak.

1926 r. – w czerwcu zaczęto w kościele ponownie odprawiać nabożeństwa;

1934 r. – staraniem ks. Władysława Delugi polichromię wnętrza wykonał Bronisław Brykner;

1935 r. – Maria i Piotr Bagniewscy sprowadzają z Włoch neorenesansowe rzeźby do kościoła w Zatorach; powstaje alabastrowy ołtarz św. Małgorzaty; 

1936 r. – powstaje Katolickiego Stowarzyszenia Mężów w Zatorach;

1938 r. – biskup Leon Wetmański dokonał ponownej konsekracji odbudowanego kościoła;

1958 – 1959 r. – odnowiono polichromię, wykonaną w !934r. przez. B. Bryknera;

1995-1996 r. – kościół został na nowo pomalowany przez Tomasza Zywerta.

1994-1999 r. – została wybudowana nowa plebania.

Wyposażenie wnętrza stanowią: murowany ołtarz główny z figurą Serca Jezusowego z piaskowca, oraz dwa ołtarze boczne: NMP (w kaplicy z obrazem Madonny z Dzieciątkiem) i św. Małgorzaty (alabastrowy).